一、生物性危害
常見的生物性危害包括細菌、病毒、寄生蟲以及霉菌。
1.細菌
按其形態，細菌分為球菌、桿菌和螺形菌；按其致病性，細菌又可分為致病菌、條件病菌和非致病菌。食品中細菌對食品安全和質量的危害表現在兩個方面。
(1)引起食品腐敗變質。
(2)引起食源性疾病。若食品被致病菌污染，將會造成嚴重的食品安全問題。
2．病毒
病毒非常微小，不僅肉眼看不見，而且在光學顯微鏡下也看不見，需用電子顯微鏡才能察覺到。病毒對食品的污染不像細菌那么普遍，但一旦發生污染，產生的后果將非常嚴重。
3．寄生蟲
在寄生關系中，寄生蟲的中間宿主具有重大的食品安全意義。畜禽、水產是許多寄生蟲的中間宿主，消費者食用了含有寄生蟲的畜禽和水產品后，就可能感染寄生蟲。例如吸蟲(Trematoles)中間宿主是淡水魚、龍蝦等節肢動物，生吃或烹調不適，會使人感染吸蟲。
4．霉菌
霉菌可以破壞食品的品質，有的產生毒素，造成嚴重的食品安全問題。例如黃曲霉素、雜色曲霉素、赭曲霉素可以導致肝損傷，并具有很強的致病作用。
二、化學性危害
常見的化學性危害有重金屬、自然毒素、農用化學藥物、洗消劑及其他化學性危害。
1．重金屬
重金屬，如汞、鎘、鉛、砷等，均為對食品安全有危害的金屬元素。食品中的重金屬主要來源于三個途徑：(1)農用化學物質的使用、工業三廢的污染；(2)食品加工過程所使用不符合衛生要求的機械、管道、容器以及食品添加劑中含有毒金屬；(3)作為食品的植物在生長過程中從含高金屬的地質中吸取了有毒重金屬。
2．自然毒素
許多食品含有自然毒素，例如發芽的馬鈴薯(土豆)含有大量的龍葵毒素，可引起中毒或致人死亡；魚膽中含的5一a鯉醇，能損害人的肝腎和心腦，造成中毒和死亡；霉變甘蔗中含3一硝基丙醇，可致人死亡。自然毒素有的是食物本身就帶有，有的則是細菌或霉菌在食品中繁殖過程中所產生的。
3.農用化學藥物
食品植物在種植生長過程中，使用了農藥殺蟲劑、除草劑、抗氧化劑、抗菌素、促生長素、抗霉劑以及消毒劑等，或畜禽魚等動物在養殖過程中使用的抗生素，合成抗菌藥物等，這些化學藥物都可能給食物帶來危害。世界各國對農用化學藥物的品種、使用范圍以及殘留量作了嚴格限制。例如歐盟規定，中國出口到歐洲的蜂蜜中氯霉素的殘留不得超過0．1ng／mL。
4．洗消劑
洗消劑是一個常被忽視的食品安全危害。問題產生的原因有：(1)使用非食品用的洗消劑，造成對食品及食品用具的污染；(2)不按科學方法使用洗消劑，造成洗消劑在食品及用具中的殘留。例如，有些餐館使用洗衣粉清洗餐具、蔬菜或水果，造成洗衣粉中的有毒有害物毒，如增白劑等，對食品及餐具的污染。
5．其他化學危害
化學性危害情況比較復雜，污染途徑較多，上面講的是一些常見的、主要化學性危害，還有濫用食品添加劑、機械潤化油等其他化學性危害。
三、物理性危害
物理性危害與化學性危害和生物性危害相比，有其特點，往往消費者看得見。因而，也是消費者經常表示不滿和投訴的事由。物理性危害包括碎骨頭、碎石頭、鐵屑、木屑、頭發、蟑螂等昆蟲的殘體、碎玻璃以及其他可見的異物。物理性危害不僅令食品造成污染，而且時常也損壞消費者的健康。
四、轉基因食品的危害
自從1973年，美國斯坦福大學的科恩教授開發成功轉基因技術，轉基因技術被逐漸應用于農產品的生產，但轉基因食品是否安全，目前卻沒有一個人能做出肯定的回答。1999年3月，《自然》雜志發表了康乃爾大學Losey等人認為轉基因作物有毒性的論文，引起了世界的震驚，其報道的轉基因Bt玉米毒死黑脈金斑蝶的幼蟲可謂轉基因作物短期不良反應的一個實例12]。據推測，長期不良效應的發現正如六六六、DDT、PPA等藥物的不良效應一樣需要一定時間。歐盟國家在2000年6月決定暫停轉基因產品的種植和流通，日本曾對轉基因食品的安全性深信不疑，但自Losey等人的論文發表后，也將重新對轉基因食品的安 全進行進一步研究。轉基因技術的應用一方面給食品行業的發展帶來前所未有的機遇，另一方面轉基因食品安全的不確定性也給食品安全帶來了前所未有的挑戰。
食品是人類賴以生存和發展的物質基礎,糧食、蔬菜和水果是人們生活必備食品,食品的安全問題既是最基本的質量要求,也是關系到人民健康和國計民生的重大問題。食品抽檢主要是依據國家強制性的標準來判斷食品是否合格，標簽問題、含量不足、產品等級標準不合格、限量成分超標以及含有違禁成分等都可能成為判定食品不合格的原因。
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