食品中的細菌(包括非致病菌、 條件致病菌和致病菌)，有些是造成食品腐敗變質的直接因素。因而常把污染食品的細菌總數、大腸菌群或大腸桿菌、腸球菌作為評價食品衛生質量的重要指標。

       細菌總數，是指該食品上每個活菌細胞在培養基上生成肉眼可見的菌落。即菌落總數來表示。這種“細菌總數”實際上僅指活的雜菌，它可以作為食品污染的程度和新鮮度指標，是判斷食品衛生質量的一項重要依據。

       大腸菌群或大腸桿菌:大腸菌群以大腸桿菌為主，包括產氣腸細菌和一些中間類型的細菌。大腸菌群來自人和溫血動物的腸道，一般無病原性。據估計，成人每日從糞便中排出的大腸菌群細菌多達每克糞便中含有1千萬≈1萬萬個。若水或食品中發現大腸菌群的細菌，則表示水或食品被人和溫血動物糞便所污染，而有糞便的污染就可能有腸道病原菌(傷寒桿菌、痢疾桿菌等)。因此大腸菌群或大腸桿菌可以作為腸道致病菌污染食品的指標菌。食品中大腸菌群的污染程度常用菌量表示。

       腸球菌:腸球菌是鏈球菌屬中一群革蘭氏陽性球菌，呈長鏈狀或短鏈狀。與食品有關的鏈球菌，主要是糞鏈球菌和糞渣鏈球菌。腸球菌主要來源于糞便。過去和現在，大腸菌群或大腸桿菌長期以來作為糞便污染的指標細菌，廣泛應用于一-般食品的常規細菌檢驗。但是這類細菌是嗜溫菌，在低溫、冰凍狀態下容易死亡，這就降低了它應有的指標作用。將具有抵抗冰凍力的腸球菌作為指標細菌，用于冷凍食品的細菌檢驗，指標效果要優于大腸菌群，但檢驗方法要復雜得多食品衛生標準中，這三種不同的細菌指標，其衛生學意義不同，它們既有聯系，又有區別，應根據實際情況加以應用，以對食品衛生質量作出正確的判斷。

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