菌落總數和致病菌有本質區別，菌落總數包括致病菌和有益菌，對人體有損害的主要是其中的致病菌，這些病菌會破壞腸道里正常的菌落環境，一部分可能在腸道被殺滅，一部分會留在身體里引起腹瀉、損傷肝臟等身體器官，而有益菌包括酸奶中常被提起的乳酸菌等。但菌落總數超標也意味著致病菌超標的機會增大，增加危害人體健康的幾率。
菌落總數超標說明該產品的衛生可能有問題。據悉，菌落總數測定是用來判定食品被細菌污染的程度及衛生質量，如果菌落總數超標嚴重，將會破壞食品的營養成分，加速食品的腐敗變質。消費者食用微生物超標嚴重的食品，很容易患痢疾等腸道疾病，可能引起嘔吐、腹瀉等癥狀，危害人體健康安全。
河南冠宇儀器有限公司基于螢火蟲發光原理，利用“熒光素酶—熒光素體系”研制而成；由于所有生物活細胞中含有恒量的ATP，所以ATP含量可以清晰地表明樣品中微生物與其他生物殘余的多少，菌落總數ATP熒光檢測儀GY-308適用于食品、飲用水中微生物快速檢測，餐具潔凈度快速檢測，食品加工器具、工作臺面、餐飲器具等消毒結果快速檢測，醫療環境工作平臺即時評估。該設備采用生物化學反應方法檢測ATP菌落總數含量。
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